Amursana tập hợp phần lớn những người Oirat còn lại và phát động cuộc nổi loạn chống lại nhà Thanh. Quân đội Trung Quốc hiện đã rút đi chỉ để lại một lực lượng yếu dưới thời Ban Di. Bất lực và không thể làm gì, Ban Di đã tự sát vào ngày 4 tháng 10 năm 1755. Trong tám tháng sau đó, Amursana là nhà lãnh đạo duy nhất của người Oirat và thực tế là Khả hãn Dzunghar.

Trong khi đó, như đã hứa, Càn Long đã chỉ định Đại hãn cho mỗi trong bốn gia tộc Oirat trong một động thái được thiết kế để ngăn chặn họ tham gia cuộc nổi loạn. Quân Thanh một lần nữa được phái đi vào cuối tháng 3 năm 1756 chiếm lại Ili. Amursana đã trốn thoát và chạy trốn đến hãn quốc Kazakh, nơi cha vợ của ông, Ablai Khan, từ chối trao trả cho ông, bất chấp nguy cơ xâm chiếm lãnh thổ của nhà Thanh.

Càn Long đã nói xấu các tướng lĩnh của mình vì đã không bắt được kẻ chạy trốn, nói rằng họ là một sự lãng phí thời gian và tiền bạc. Ông đã sa thải họ và ra lệnh rút toàn bộ quân đội sau đó bổ nhiệm chỉ huy Zhao Hui của một lực lượng viễn chinh nhỏ được phái đến đồn trú Ili.

Amursana trở về Ili để tập hợp quân nổi dậy và gần như tiêu diệt lực lượng của Zhao Hui. Vị tướng Trung Quốc vô vọng vượt xa, mặc dù đưa ra một hệ thống phòng thủ tinh thần, đã buộc phải rút lui với 500 binh sĩ. Phiến quân đã cắt các tuyến đường bưu điện đến thủ đô nhưng Zhao Hui đã chiến đấu để trở về Barkul, nơi ông cầu xin Càn Long thực hiện các biện pháp quyết liệt hơn chống lại phiến quân.

Trong khi đó, sự chú ý của nhà Thanh tạm thời tập trung vào hoàng tử Khalkha Chingünjav, hậu duệ của Thành Cát Tư Hãn. Trước khi đối phó với Amursana, phần lớn lực lượng của Càn Long đã được chỉ định lại để đảm bảo sự ổn định ở Khalkha cho đến khi quân đội của Chingünjav bị nhà Thanh đè bẹp trong trận chiến dữ dội gần hồ Khövsgöl vào tháng 1 năm 1757.

Sau chiến thắng, Càn Long phái thêm lực lượng đến Ili, nơi họ nhanh chóng đánh đuổi phiến quân. Amursana đã trốn thoát lần thứ ba đến hãn quốc Kazakh, nhưng không lâu sau đó, Ablai Khan đã thề làm đồng minh của nhà Thanh, điều đó có nghĩa là Amursana không còn an toàn nữa.